Niektóre osoby, które przyzwyczajone są do tradycyjnego konta w banku, na pierwszy rzut oka mogą czuć pewien opór przeciw "przerzuceniu się" na konto internetowe, które może sprawiać wrażenie mniej "solidnego" lub dającego mniejsze gwarancje bezpieczeństwa. Nic bardziej mylnego. Konto internetowe to normalne konto bankowe, zapewniające normalne bezpieczeństwo dla zgromadzonych środków, jak w każdym innym polskim banku. Co do bezpieczeństwa dostępu do środków, standardy kont internetowych są najbardziej wyśrubowane w całym sektorze bankowym.

Bank prowadzący konto internetowe jest zobowiązany zapewnić zgromadzonym środkom całkowite bezpieczeństwo. Pieniądze zgromadzone na koncie - tak jak w każdym innym przypadku - podlegają ustawowej ochronie do równowartości 50.000 EUR (do tej kwoty zostaną całkowicie zwrócone przez Bankowy Fundusz Gwarancyjny w przypadku np. upadłości banku, co w praktyce nie miało jeszcze miejsca i raczej się na to nie zanosi). Konto internetowe to tak naprawdę normalne konto, tyle że z dostępem i obsługą przez internet. Dlatego też każdy bank dba o takie konto jak o inne - tradycyjne - konta, które prowadzi.

Bezpieczeństwo dostępu do konta jest posunięte do maksimum. Podstawowym kanałem dostępu jest oczywiście internet. Standardem jest nie tylko login i hasło, ale również szyfrowanie połączenia bezpiecznym protokołem SSL (dzięki czemu przesyłane dane nie mogą zostać przechwycone), jak również dodatkowe zabezpieczanie każdej transakcji. Oznacza to, że każdy przelew, ustanowienie zlecenia stałego itp. musi być dodatkowo potwierdzone hasłem jednorazowym, Pozwala to na zapewnienie, że rzeczywiście daną dyspozycję składa właściciel konta, a nie np. ktoś, kto przypadkowo wszedł w posiadanie loginu i hasła lub dostał się do konta, z którego właściciel zapomniał się wylogować. Tego typu zabezpieczenia pozwalają każdemu, kto zachowa choć minimum ostrożności, być spokojnym o zgromadzone na koncie pieniądze.

Użytkownicy konta mają zwykle też drugi kanał możliwego dostępu do konta - za pomocą serwisu telefonicznego (na wypadek np. nagłego braku internetu). Również ten kanał dostępu jest dobrze zabezpieczony. Każdy użytkownik ma oddzielne hasła dotyczące połączeń telefonicznych (inne niż internetowe), dzięki czemu również przez telefon możliwa jest identyfikacja klienta.

Pewnym zagrożeniem dla użytkowników kont internetowych jest podszywanie się niektórych "hakerów" pod strony banków, w celu wyłudzenia haseł. Standardową próbą oszustwa jest wysyłanie e-maili, które rzekomo pochodzą od banku i nakłaniają do kliknięcia w link, którzy rzekomo ma nas przenieść na stronę banku. Podstawową zasadą bezpieczeństwa jest nie klikanie w linki znajdujące się w mailach, gdyż mogą one być tzw. ukrytymi linkami (tzn. wyglądają jak prawdziwe, a w rzeczywistości prowadzą do fałszywej strony, której właściciel chce wyłudzić od nas dane do konta). Przestrzegając tej zasady oraz sprawdzając za każdym razem poprawność adresu w okienku przeglądarki oraz obecność tzw. "kłódki" w prawym dolnym rogu ekranu (kłódka potwierdza zaufany certyfikat SSL), możemy czuć się bezpiecznie korzystając z konta internetowego.